Экосистеме Черного моря угрожает распространение чужеродных организмов.
Настоящей бедой для водных экосистем Черного моря являются чужеродные организмы, которые за последние 20 лет в огромном количестве были завезены в акваторию Черного моря и практически полностью вытеснили некоторые исконные для этих вод виды.
В конце 80-х годов XX века торпедные катера завезли с Дальнего Востока вид хищных моллюсков - рапанов, и в итоге погибли почти все популяции устричных видов. Устрицы, в том числе наиболее распространённые мидии, способствуют очищению вод. Уменьшение численности мидий приводит к снижению естественного процесса очищения морских вод.